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Modele a coller

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Le concept de la liaison chimique comme lien direct entre les atomes peut être modélisé en liant les balles (atomes) avec des bâtons/tiges (liaisons). Cela a été extrêmement populaire et est encore largement utilisé aujourd`hui. Initialement, les atomes étaient faits de billes de bois sphériques avec des trous spécialement percés pour les tiges. Ainsi, le carbone peut être représenté comme une sphère avec quatre trous aux angles tétraédriques COS − 1 (− 1 ⁄ 3) ≈ 109,47 °. La largeur de trait de liaison dans la représentation de fil est un attribut de modèle; autrement, les différentes parties d`un modèle unique ne peuvent pas avoir des largeurs de bande différentes (bien qu`elles puissent être en différents types de représentation non filaire). Les représentations de fil, de bâton, de boule-et-bâton, et de CPK sont des attributs des atomes et des liaisons individuels (voir aussi le mode de tirage). Le ruban de la structure secondaire est un attribut au niveau des résidus. La représentation des canalisations et des planches n`est pas un attribut mais un objet VRML construit séparément. Enfin, comment les Pseudo-liaisons sont dessinées sont des attributs de groupe pseudobond. Plusieurs types de représentation moléculaire sont disponibles dans la chimère, et plus d`un type peut être présent dans un seul affichage. La représentation par défaut est une ligne simple ou un dessin filaire dans lequel les atomes sont affichés comme des points et des liaisons comme des fils. D`autres options sont bâton avec des atomes de «EndCap» et des liens de bâton, boule-et-bâton avec des atomes de boule (petite sphère) et des liens de bâton, et sphère avec la sphère (rayon VDW plein) des atomes et des liaisons de bâton. La représentation de sphère est également appelée un modèle de Corey-Pauling-Koltun (CPK).

En outre, les protéines et les acides nucléiques peuvent être dessinés comme un ruban, et les protéines avec des enregistrements de structure secondaire PDB peuvent être dessinées comme des «tuyaux et des planches». En 1865, le chimiste allemand August Wilhelm von Hofmann fut le premier à fabriquer des modèles moléculaires en boule et en bâton. Il a utilisé de tels modèles en conférence à l`institution royale de Grande-Bretagne. La figure 3 représente un modèle boule-bâton de proline. Les boules ont des couleurs: le noir représente le carbone (C); rouge, oxygène (O); bleu, azote (N); et blanc, hydrogène (H). Chaque boule est percée avec autant de trous que sa Valence conventionnelle (C: 4; N: 3; O: 2; H: 1) dirigée vers les sommets d`un tétraèdre.